歐盟利用配額拍賣所獲得的收入設立了三項基金：NER300、現代化基金和創新基金，前兩項主要針對能源生產的轉型和脫碳，創新基金則著重支持排放密集型工業的綠色投資。

NER300 是為了在EU ETS第三階段（2013～2020年）內資助大規模低碳能源示范項目而設立的，共有 20 個成員國的 38 個可再生能源項目和 1 個碳捕獲與封存項目獲得了NER 300 的支持，資金總額約為21 億歐元。然而，由于難以獲得共同投資（私營或公共部門），其中28 個項目無法籌集到足夠的額外資金，不得不退出。從EU ETS第四階段 （2021～2030年）開始，NER 300 中仍未動用的資金將被轉入創新基金的資金池中，重點資助碳捕獲和封存項目、工業低碳技術推廣和可再生能源項目開發。綠色新政下，2021～2030年創新基金的規模將擴大1/4，資金池總規模超過430億歐元。

現代化基金成立的目標則是支持低收入成員國能源部門的現代化、多樣化和可持續轉型。綠色新政下，可獲得現代化基金資助的成員國門檻進一步提高，由人均GDP低于歐盟平均水平60%的成員國提高至75% ，希臘、葡萄牙、斯洛文尼亞、保加利亞、克羅地亞、捷克、愛沙尼亞、匈牙利、拉脫維亞、立陶宛、波蘭、羅馬尼亞和斯洛伐克均可從中受益。而現代化基金的資金池總規模也將擴大到600億歐元左右。