目前歐盟碳交易體系的交易場所主要是洲際交易所（ICE）和歐洲能源交易所（EEX），兩個交易所的功能基本一致。在早期歐洲碳交易場所主要有歐洲能源交易所、歐洲氣候交易所（ECX）、歐洲環境交易所（BlueNext）、北歐電力交易所（Nordpool），經歷多年發展后，歐洲氣候交易所、歐洲環境交易所由于各種原因已經不再進行EUA等碳配額的交易，最后形成了洲際交易所和歐洲能源交易所并行的格局。

ICE在2010年將ECX的業務并入自身，形成了歐洲最大的能源期貨交易所。其服務范圍包括衍生品交易、場外交易、清算服務、數據服務，目前在碳交易方面的產品主要包括一級市場的碳排放配額拍賣，二級市場的EUA、EUAA期貨等相關金融衍生品。此外，ICE還提供北美洲地區的碳交易服務，如加州碳配額、美國區域減排計劃碳配額以及碳配額相關的金融衍生品。

EEX成立于2002年，由萊比錫能源交易所和法蘭克福歐洲能源交易所合并而成，目前是歐洲核心能源交易所之一。其服務范圍與ICE類似，但是較ICE多了現貨交易，因此EEX的交易產品包括一級市場的碳排放配額拍賣，二級市場的EUA和EUAA現貨、EUA和EUAA期貨等金融衍生品，其中現貨交易為主。此外，EEX還與北京綠色交易所、廣州碳排放權交易所、上海環境能源交易所達成了戰略合作伙伴關系，標志著歐盟與我國共同探索碳排放權交易市場的建設。

在交易流程方面，兩個交易所均為開立賬戶、產品交易、交易清算。在開立賬戶中，兩個交易所均實行會員制，要求參與碳交易的主體開立賬戶，并每年提交會員費。目前一些大型企業，如BP、殼牌等企業很早就取得了交易所的會員資格。同時，一些體量相對較小、企業內部碳管理制度不完善的企業為了降低成本，通過銀行和經紀人以“訂單傳遞”的方式參與到碳交易中，自己不作為會員來參與交易，避免了提交會員費。在交易清算中，ICE和ECC（EEX的清算機構）將作為中央清算機構進行服務，一方面將賣方的配額劃轉至自身賬戶，另一方面將等量配額劃轉至買方賬戶，將降低了交易主體面臨的風險。

雖然兩個交易所的產品結構和交易流程較為一致，但是還是存在一定區別。在一級市場上，ICE主要對英國碳配額進行拍賣，EEX對歐盟碳排放配額、德國碳排放配額、波蘭碳排放配額進行拍賣。在二級市場上，ICE主要開展EUA期貨等金融衍生品的交易，EEX則是EUA現貨、期貨均有交易，但是以現貨為主。