基于項目的
減排和基于總量控制的排放配額在性質上有著本質的區別，同時存在著無數的環節。
第一，交易的商品不同。配額交易基于總量控制交易機制，減排交易基于項目自愿減排機制。
兩種交易產品的區別在于，一是配額排放是絕對的，自愿減排是相對的，二是配額是預先設定的，在
市場開放之初會發放給企業，而減排是事后產生的，只有減排行為確實發生并
認證后才能產生，三是配額量確定，交易開始前已經確定了每年的配額量，認證后才能知道準確的減排量。
第二，交易的范圍不同。配額交易的范圍一般僅限于當地
碳市場。比如歐盟的配額只能在歐盟內交易。同樣，中國
碳交易試點的配額只能在當地企業之間進行交易。
相比之下，減排交易明顯是跨區域的，最典型的代表是清潔發展機制項目，其項目開發產生的認證減排(CER)信用可以在世界大部分地區流通;其他自愿減排標準，如認證減排標準(VCS)或黃金標準，也可以在世界范圍內制定，減排也可以出售給世界。
同樣，中國經認證的自愿減排(
ccer)信用也可以在一定條件下在碳交易試點中流通。
第三，交易的目的不同。配額交易的主要目的是為了企業履行義務，而減排交易既可以滿足排放企業履行義務的需要，也可以滿足其他企業和個人履行社會責任的需要。
特別是自愿減排標準，主要是為了滿足企業社會責任的市場需求。所以配額交易的需求完全來自碳市場的內生，而減排交易的需求不一定。
在強制性減排市場中，減排是配額的有效補充。因此，為了保證配額市場的需求，每個碳市場通常都會限制減排的使用。
根據《
碳排放權交易管理辦法（試行）》的規定，重點排放單位每年可以使用國家核證自愿減排量抵銷碳排放配額的清繳，抵銷比例不得超過應清繳碳排放配額的5%。
