由于碳市場總量需通過一定比例分配給企業，市場交易規則將很大程度上決定碳交易權落地后，企業端的接受程度和最終執行效果。此次《管理辦法》改變《暫行辦法》中提出的“預留一定數量用于有償分配”的方式，明確排放配額分配初期以免費分配為主，適時引入有償分配，并逐步提高有償分配的比例。有償分配收入實行收支兩條線并納入財政管理。

“在碳排放權配額分配中，一個配額相當于一噸二氧化碳當量。國家對所分配的碳排放總量在每個排放主體間的分配被稱為碳排放權初始分配，一般可被分為無償、配額分配以及二者混合的定價分配。”深圳大學鄧紅梅、嚴良曾撰文指出，我國可借鑒歐盟經驗，其在國家履約期首階段采用無償分配，企業無需支付費用并可通過交易獲得碳資產，后期再逐步提高拍賣分配的碳配額占比。

2011年，我國在7省市開展碳排放權交易試點，分別包括北京、天津、上海、重慶、廣東、湖北和深圳。雖然京津等試點地區碳排放配額免費發放，但廣東已于今年4月競價發放2019年度第一次碳排放配額，有償配額總量為40萬噸，政策保留價為25.84元/噸。

不過，廈門大學中國能源政策研究院院長林伯強表示，鑒于《管理辦法》在全國是統一適用的，所以落地后廣東應該會回歸到免費配額的狀態。總體而言，也是借鑒了西方探索的部分路徑。

然而，并非所有企業均可獲得免費額度，并被列入全國碳排放交易市場管理。此次《管理辦法》明確，將符合要求的地方碳市場管理的重點排放單位納入全國碳排放權交易市場。其中，重點排放單位為全國碳排放權交易市場覆蓋行業內年度溫室氣體排放量達到 2.6萬噸二氧化碳當量及以上的企業或者其他經濟組織；對排放額度較小的非重點單位將不被納入全國碳排放權交易市場管理。