除了其他排放大國的反對與質疑，歐盟實施碳邊境調整機制時也將面臨一些風險與挑戰，比如該機制的合法性、公平性以及碳減排的有效性。

圖1. 實施碳邊境調整機制面臨的風險

合法性

碳邊境調整機制必須符合國際貿易規則。WTO遵循多邊貿易體制，旨在促使貿易盡可能自由流動。若碳邊境調整機制阻礙了貨物的自由流動，這就與WTO的規則相背，歐盟將面臨與主要貿易伙伴產生大量貿易摩擦的風險。

公平性

碳邊境調整機制不能歧視任何單獨的貿易伙伴，也不能偏袒本國內生產的商品，且對歷史上碳排放量遠少于發達工業化國家的貧窮國家來說也必須是公平的。部分學者認為發達國家單方面實施的邊境調整措施將本國應承擔的環境立法成本轉移到發展中國家，這種不合理的負擔轉移違背了《京都議定書》所確定的共同而又有區別的責任原則。

碳減排有效性

歐盟實施碳邊境調整機制旨在減少全球“碳泄漏”的現象，即減少企業將生產制造轉移到沒有嚴格碳定價政策的其他國家的機會。但是目前并沒有研究證明該措施對于防止“碳泄漏”的有效性有多少；此外，有學者認為“碳泄漏”風險并不大，實施碳邊境調節機制可能會導致“碳泄漏”矯枉過正，形成限制貿易的綠色壁壘[6]。如果歐盟以歐盟排放交易體系（EU ETS）平均價格為基礎征收進口商品稅[7]，那么EU ETS下的碳價能帶來多少有效的碳減排也需要進一步研究證明。

由于各國氣候目標的雄心水平仍存在差異，歐盟委員會提出將在特定行業實施碳邊境調整機制，以降低碳泄漏風險。雖這一舉措可能發揮杠桿作用，促使其他國家采取相應的減排措施，但歐盟這么做的目的是否真的為了全球碳減排，而非出于貿易保護主義還有待驗證。此外，實施碳邊境調整機制也存在許多的困難，比如很難計算進口產品的碳含量，因為有的產品零件是由許多個國家制造的；此外，如何設定有效的碳價也是一個棘手的問題。

雖然歐盟提議碳邊境調整機制的目的性存在很多質疑，但隨著全球碳排放量的不斷增加，各國國內的碳定價機制廣泛建立，那么反對該措施的聲音可能會逐漸變小。若各國想避免碳邊境調整機制征收的費用，則需要通過其他有效的碳減排措施來更快地削減本國的碳排放量。