在此次聯合國氣候變化大會上，與會各國的重要分歧之一就是如何援助和激勵那些需要為氣候治理付出較大成本的國家。一方面這些國家需要在經濟發展和節能減排之間尋求成本-收益平衡，另一方面又不能使這些國家在寬松的政策環境下喪失為氣候治理做貢獻的雄心。與此相對應的是，“綠色協議”在成員國層面也遇到了同樣的問題。

由于歐盟各成員國在能源結構、政策理念和治理能力方面存在差異，當下并非所有國家都有意愿、有能力將“綠色協議”內化到各自的發展中。在12月12-13日歐盟峰會上，東歐國家捷克、波蘭和匈牙利就對“綠色協議”唱起反調。波蘭是歐盟成員國中煤炭消耗比例較高（77%）的國家，因而“脫煤”之路會格外艱辛。波蘭總理莫拉維茨基（Mateusz Morawiecki）認為，各成員國應以各自的節奏實現氣候治理，且歐盟應通過進一步財政轉移補償波蘭的能源轉型成本。在一番討價還價后，波蘭最終依然決定保持例外，將“碳中和”的目標推遲到2070年實現。

其次，歐盟內部各成員對于何種能源可以取代煤炭作為清潔能源有不同設想。捷克總理巴比什（Andrej Babi?）表示，“沒有核能，捷克將無法完成減排目標”。在削減煤炭消耗的情況下，捷克計劃到2040年將核能在能源供給中的比例提高到一半左右。但是，已經棄核的德國和奧地利反對通過使用核能的方式達到氣候目標。最終歐洲理事會不得不做出妥協，在峰會的聲明中表示，允許部分國家在能源結構中使用核能。

有鑒于此，“綠色協議”引入“公正轉型機制”（Just Transition Mechanism）來補償需付出較大的地區和部門，防止掉隊情況的出現。但是，在英國脫歐的背景下歐盟的財政預算將面臨巨大缺口。而在氣候治理方面的補助數額究竟應是多少、標準應如何制定才能兼顧效率與公平呢？補償機制又是否能真正對成員國起到激勵作用？這一系列問題反映出，在差異一體化條件下歐盟頂層制度設計在落實過程中難以一以貫之。