減排目標如何制定?
這套體系的形成體現了歐盟的行政特點。作為以主權國家為成員的地區一體化組織，歐盟所有的立法、指令都要通過成員國貫徹才能推行。歐盟要做出
減排承諾，內部不是強制所有成員國減排，而是通過平衡達到整體承諾，如歐盟允許西班牙等過在一定期限內甚至可以增加排放量，以維持經濟增長和國內產業保護。
在制定溫室氣體排放交易配額的過程中，歐盟也考慮到不同成員國的現實情況和整體
政策的可行性。在西歐成員國中，環保技術得到了廣泛應用，實現減排成本較低;而在中東歐和南歐部分成員國中，大型工業產業仍依賴于高排放技術，整體改造的成本較高。
基于這種背景，歐盟在創建
碳排放交易體系過程中主要采取的方法是成員國申報，委員會批準的模式。即成員國根據自身情況綜合內部產業情況制定國家年度排放配額，再提交委員會環境和能源部門進行討論。
在聯盟層次上，歐盟根據國際減排承諾、聯盟減排計劃等標準進行審批。體系啟動年度分配到相關國家的配額將略少于預計排放量，而且之后每年的配額將按減排計劃不斷減少，配額交易以年度進行結算并清零，產生供求需要，創建聯盟層面的配額交易
市場。該體系為聯盟統一政策，一旦實施，國家將無權自主改變配額或重新調整行業間配額的分配。
對于大型利益集團，特別涉及成員國國家利益的能源與工業部門，歐盟為緩解阻力在體系運行開始時使用免費贈予企業配額的方式，逐步增加大型污染企業購買配額的壓力。
