從國內碳交易試點和其他非試點地區的機構甄選規則，大多數都要求了核查機構必須注冊當地，或者注冊外省，在本地具有分支機構。雖然會有一些本地優勢，但是形成了地方保護主義，導致外省一些具有經驗的機構難以進入。同時一些本地機構雖然沒有相關的經驗，實力能力相對較弱，但是由于長期在本地且和當地發改委有著良好的關系，因而進入核查機構名錄。這一現象可能導致部分機構存在技術缺陷或專業人員配置問題。